La historia de Vandread se centra en un universo en el que hombres y mujeres viven en planetas separados, en constante guerra desde hace años, al punto que desconocen la posibilidad de coexistencia entre ambos sexos, cosa que ha sido olvidada por el paso del tiempo, y desconocida por generaciones en estos dos planetas, Tarak (el planeta de los hombres) y Mejerk (el planeta de las mujeres).

La trama se centra en Hibiki, un joven de Tarak que en su afan por demostrar su hombría, es tomado prisionero durante un enfrentamiento junto a dos hombres más por un grupo de mujeres pirata y muestra las vivencias de estos en una nave repleta de mujeres; mientras se van ganando la confianza de ellas, deben enfrentarse a un enemigo desconocido que los afecta a todos: el Planeta Tierra.

La historia comienza cuando el joven Hibiki, un pobre mecánico de tercera clase que esta totalmente amargado por lo aburrido de su propia vida, comete la estupidez de prometer a sus compañeros del trabajo que robara un 'Vanguard' (robot de combate), intentando probar su existencia.
Precisamente lo hace el mismo día en que los hombres del planeta Tarak estrenan la Ikazuchi (Trueno), su nave insignia recién reconstruida, para atacar a las mujeres en el espacio exterior. Al despegar la nave, Hibiki, que se encontraba precisamente cumpliendo con su desafío a bordo de uno de los hangares dentro de la Ikazuchi, es atrapado y es sentenciado a ser fusilado, pero logra salvarse en la confusion del combate, al aparecer en escena un grupo de mujeres piratas que comienzan a atacar la nave de los hombres. Las mujeres, a bordo de sus naves de combate, llamadas 'Dreads', capturan sorpresivamente la parte más vieja de la nave de los hombres, que estos liberan de la nave madre durante la batalla y con ella, tres hombres incluyendo Hibiki y los otros dos personajes masculinos centrales de la trama: Bart y Duero.